Nació en Sofía, Bulgaria, en 1965. En 1971 sus padres huyeron con él a través de Yugoslavia e Italia a Alemania, donde obtuvieron asilo político. Un año después, la familia se mudó a Kenia. Trojanow se crió en Nairobi, de 1972 a 1984, aparte de un periodo de tres años en Alemania. Estudió Derecho y Etnología en Munich. En 1989, fundó la editorial Marino, enfocada en literatura africana. En 1998, se mudó a Mumbai y en 2003 a Ciudad del Cabo. Desde 2008 vive en Viena. Desde su primera novela, El mundo es grande y la salvación acecha por todas partes, ha publicado veinte libros de diferentes géneros (novela, diario de viaje, reportaje, ensayo político), cinco de los cuáles han sido traducidos al español. Su novela más exitosa, El coleccionista de mundos, ha sido traducida a 30 idiomas. Ha sido galardonado con numerosos premios literarios y ha sido profesor en la Freie Universität Berlin y el Deutsches Literaturinstitut en Leipzig, en la Universidad de Washington en St. Louis, la Academia de Cine en Viena, la Universidad de Nueva York y el Dartmouth College, Estados Unidos. Es un miembro del consejo de PEN Alemania.